Οι Γερμανοί μπαίνουν στη Θεσσαλονίκη στις 9.4.41. Λίγες μέρες αργότερα απαγορεύουν την είσοδο των Εβραίων σε καφενεία, ζαχαροπλαστεία κ.λπ., επιτάσσουν το νοσοκομείο Χιρς και πολλά εβραϊκά σπίτια, φυλακίζουν τα μέλη του κοινοτικού Συμβουλίου, διατάζουν τουs Εβραίους να παραδώσουν τα ραδιόφωνα τους και λεηλατούν τα γραφεία της Κοινότητας και τις πλουσιότερες εβραϊκές βιβλιοθήκες. Στις 11.7.1942 οι άνδρες Εβραίοι ηλικίας 18 - 45 ετών διατάζονται να παρουσιαστούν στην πλατεία Ελευθερίας. Εκεί αφού υφίστανται απερίγραπτα μαρτύρια καταγράφονται και οδηγούνται σε καταναγκαστικά έργα. Η Κοινότητα θα καταβάλει στους ναζί 2,5 δισ. δρχ. για να τους απελευθερώσει. Στο τέλος του ίδιου χρόνου, οι ναζί κατάσχουν τις ανθούσες εβραϊκές επιχειρήσεις και καταστρέφουν το Ισραηλιτικό Νεκροταφείο.

Στις 6.2.43 φτάνει στη Θεσσαλονίκη μια επιτροπή των SD με επικεφαλής τους Ντήτερ Βισλιτσένι και Αλόις Μπρύνερ και βάζει σε κίνηση τον μηχανισμό για το οριστικό ξεκλήρισμα των Εβραίων, που υποχρεώνονται τώρα να φορούν το κίτρινο άστρο του Δαυίδ και να κατοικούν σε ορισμένες μόνο συνοικίες (γκέτο). Τους απαγορεύεται επίσης η χρήση τηλεφώνων και δημοσίων μεταφορικών μέσων. Οι ναζί κρύβοντας τις πραγματικές τους προθέσεις, ισχυρίζονται μέσω του Αρχιρραβίνου Κόρετς, τον οποίο διορίζουν και πρόεδρο, ότι αποβλέπουν στην αναδιοργάνωση της Κοινότητας σε μια αυτόνομη περιοχή της πόλης με δικό της Δήμαρχο και Επιμελητήριο. Σχηματίζουν ακόμα μια εβραϊκή πολιτοφυλακή και επιβάλλουν στους Εβραίους να συντάξουν αναλυτικές δηλώσεις των περιουσιακών τους στοιχείων. Στις 6 Μαρτίου 1943 απαγορεύεται η έξοδος των Εβραίων από τα γκέτο, ενώ στο συνοικισμό του Βαρώνου Χιρς στήνεται το σκηνικό για την τελευταία πράξη της τραγωδίας. Εκεί θα οδηγηθεί το ανθρώπινο κοπάδι έτοιμο να παραδοθεί στη σφαγή.

Στις 15 Μαρτίου 1943 αναχωρεί ο πρώτος συρμός με προορισμό τα στρατόπεδα του θανάτου Aουσβιτς και Μπιρκενάου. Διαδοχικές αποστολές που αναχωρούν η μια μετά την άλλη θα μεταφέρουν σε λίγες εβδομάδες τους Εβραίους της Θεσσαλονίκης στοιβαγμένους σε βαγόνια που προορίζονταν για ζώα, στον τόπο της εξόντωσης.

Στο σημείο αυτό θα πρέπει να εξαρθεί η αυτοθυσία εκείνων των Χριστιανών αδελφών μας, που με κίνδυνο της ζωής τους πρόσφεραν φιλόστοργο άσυλο σε πολλούς Εβραίους. Στην πρωτοπορεία βρέθηκαν ο κλήρος, η εθνική αντίσταση και τα σώματα ασφαλείας. Αλλά και ολόκληρος ο ελληνικός λαός που συμπαραστάθηκε όπου και όπως μπορούσε, νιώθοντας από την πρώτη στιγμή φρίκη απέναντι στο έγκλημα, έστω και αν δεν το είχε συλλάβει σε όλη του την έκταση, όπως άλλωστε δεν το είχαν συλλάβει και τα θύματα.

Δεν μπορούμε να ξεχάσουμε τα έντονα διαβήματα του αειμνήστου Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Γενναδίου, για να ανακοπούν οι αποστολές. Και ακόμα δεν μπορούμε να ξεχάσουμε και θα τονίσουμε εδώ και το έγγραφο της 23. 3. 43, που συνυπέγραψαν μαζί με τον αείμνηστο αρχιεπίσκοπο Δαμασκηνό και 29 ακόμα πρόεδροι οργανώσεων. Από την Ακαδημία και τις Ανώτατες Σχολές μέχρι τα τεχνικά και επαγγελματικά επιμελητήρια. Το έγγραφο αυτό, συνταγμένο σε αυστηρό ύφος, αναφέρεται στην ακατάλυτη αλήθεια των δεσμών που ταυτίζουν απολύτως τους Έλληνες Χριστιανούς Ορθόδοξους με τους Έλληνες Εβραίους υπό την κοινή και μόνη έννοια "Έλληνες". Και είναι αναμφισβήτητο, ότι σ' ολόκληρη την κατεχόμενη Ευρώπη δεν αποτολμήθηκε κάποια παρόμοια ενέργεια.

Από τους 46.091 θεσσαλονικείς Εβραίους που μεταφέρθηκαν στα στρατόπεδα συγκέντρωσης, επέστρεψαν μόνο 1950, δηλ. ένα ποσοστό 4% περίπου.